Fue fundado el 15 de mayo de 1963 como "Club Deportivo Universidad Católica" en Quito, Ecuador por directivos de la Pontificia Universidad Católica del Ecuador, buscando que los campeones del torneo universitario de 1962 permanezcan en actividad. En sus primeros años fue permanente animador de los torneos ecuatorianos de primera división, llegando a su etapa de mayor gloria en la década de 1970, cuando obtuvo dos subcampeonatos que le permitieron jugar Copa Libertadores. Entre los años 1989 y 2012 atraviesa por momentos críticos deambulando en diferentes categorías del fútbol ecuatoriano, mas desde 2013, con su retorno a primera categoría, volvieron al protagonismo.