Debutó en la serie A el 6 de febrero del  2010, con el nombre de Independiente José Terán y así derrotó 1-0 al 1-0 al Manta FC, en su estadio General Rumiñahui, en Sangolquí. El único gol del partido lo hizo Armando Wila, a los 49 minutos. Fue subcampeón de Ecuador en el 2013, y en el 2014 adoptó su actual denominación: Independiente del Valle. Pero en el 2016 arrancó lo mejor de la breve historia del club con una brillante participación internacional en la Copa Libertadores. Desde aquel certamen  los de AFNA han jugado siete compromisos (entre idas y vueltas, y final única) en tres torneos distintos organizados por la Conmebol.