Debutó en la serie A el 6 de febrero del  2010, con el nombre de Independiente José Terán y así derrotó 1-0 al 1-0 al Manta FC, en su estadio General Rumiñahui, en Sangolquí. El único gol del partido lo hizo Armando Wila, a los 49 minutos. Fue subcampeón de Ecuador en el 2013, y en el 2014 adoptó su actual denominación: Independiente del Valle. Pero en el 2016 arrancó lo mejor de la breve historia del club con una brillante participación internacional en la Copa Libertadores. Desde aquel certamen  los de AFNA han jugado siete compromisos (entre idas y vueltas, y final única) en tres torneos distintos organizados por la Conmebol.

Así le ha ido en cada partido en que ha disputado el título en Copa Libertadores, Sudamericana y Recopa a los del Valle.

2016

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Independiente, dirigido por Pablo Repetto, fue segundo de la llave 5 de la Copa Libertadores, detrás de Atlético Mineiro. En octavos despachó a River Plate, en cuartos a Pumas de la UNAM, y en semifinales a Boca Juniors, con un doblete de victorias. La final de ida contra Atlético Nacional de Medellín, terminó 1-1 (gol de Orlando Berrío para los colombianos y Arturo Mina para el local)  en el estadio Olímpico Atahualpa. En la vuelta, en el Atanasio Girardot, un tanto de Miguel Borja le dio el triunfo 1-0 y el título al dueño de casa. 

2019

En la Copa Sudamericana, con el español Miguel Ángel Ramírez como DT, los del Valle eliminaron, en cinco rondas antes de la final única, a Unión de Santa Fe, a los chilenos de Universidad Católica, al Caracas FC, a Independiente de Avellaneda, y al Corinthians. En la final única, el 9 de noviembre del 2019, en el estadio General Pablo Rojas, de Asunción, Independiente le ganó 3-1 a los argentinos de Colón de Santa Fe. Los goles del campeón fueron de Luis Fernando León, John Sánchez, y Cristian Dájome.

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2020

Como vencedor de la Sudamericana 2019, Independiente del Valle disputó la Recopa 2020 de la Conmebol. Se trató de una serie de ida y vuelta, en que el primer juego se saldó con empate a 2 y el segundo, con victoria holgada (3-0) del Flamengo, campeón vigente de la Libertadores entonces, sobre la escuadra de Ecuador.

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2022

Independiente del Valle venció 2-0 a Sao Paulo el 1 de octubre en la final única de la Copa Sudamericana 2022 y alcanzó su segundo campeonato en el certamen, tras el de 2019. Abrió la cuenta el delantero argentino Lautaro Díaz (minuto 12) y la amplió su compatriota Lorenzo Faravelli (66). La final de la vigésima primera edición de la Sudamericana se jugó en el estadio Mario Alberto Kempes de la ciudad argentina de Córdoba.

2023

El martes anterior Independiente del Valle venció 1-0 al brasileño Flamengo en Quito, por la final de ida de la Recopa Sudamericana de 2023. Los actuales campeones de la Copa Sudamericana superaron a los de Río de Janeiro con un tanto anotado por el argentino Mateo Carabajal, quien a los 68 minutos logró su gol con un magnífico cabezazo. (D)

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